Người ta biết về tiểu sử ông phần lớn qua sách của ông. Một số chi tiết khác về ông được tìm thấy trong:

• Sách của sử gia và nhà hùng biện Dionysius xứ Halikarnasseus (60 TCN - 7 CN).
• Sách của nhà viết tiểu sử và luân lý Plutarchus (46 - 125).
• Sách của nhà hùng biện và nhà văn châm biếm Lucian xứ Samosata (125 - 180).
• Sách của Marcellinus về tiểu sử của sử gia Thucydides.
• Bách khoa tự điển Suda, soạn vào thế kỷ 11 trong đế quốc Đông La Mã.

Các tài liệu gốc có vài chỗ mâu thuẫn nhau, rồi các tài liệu phụ cũng thế, nên những sự kiện chính trong đời ông là đề tài tranh cãi về sự hiện hữu, cũng như về năm tháng.

Đại khái người ta biết đến và tranh cãi về các sự việc sau đây:

Herodotos sinh tại thành bang Halikarnasseus vào năm 486 TCN, nay là thành phố hải cảng Bodrum ở Thổ Nhĩ Kỳ, trong một gia đình quý tộc. Ông là con của ông Lyxes và bà Dryo, có anh/em tên là Theodoros, và họ hàng với Panyassis, một nhà thơ đương thời, tác giả của hai thiên anh hùng ca Heracleia và Ionica. Có tài liệu cho rằng Herodotos chào đời vào năm 484 TCN, khi đó vị Nữ hoàng - chiến binh Artemisia I trị vì xứ Halikarnasseus.[5]

Bị bạo chúa Lygdamis đày biệt xứ, gia đình ông phải từ giả Halikarnasseus đi đến đảo Samos (cách đó khoảng 100 km về phía tây bắc) sinh sống một thời gian. Có lẽ sự kiện này xảy ra lúc ông khoảng 20 tuổi, và thúc đẩy ông khởi sự đi du lịch, thực hiện hoài bão tìm hiểu lịch sử các dân tộc, và đặc biệt là sưu tập dữ liệu về cuộc chiến tranh Ba Tư-Hy Lạp. Là một nhà yêu nước Hy Lạp, nhưng ông cũng quan tâm không kém đến các dân tộc khác.[6] Không khác chi những người Hy Lạp khác, ông muốn tìm hiểu về các phong tục tập quán của người phương Đông, và bộ sử của ông có viết về tục ăn thịt người của người Massagetae, hay sự bán rẻ thiêng liêng các cô gái đền đài Babylon, v.v...[7] Nhưng, qua bộ sử của mình, ông cũng thể hiện mong muốn rằng những chiến công hào hùng của nhân dân Hy Lạp vẫn trường tồn mãi mãi theo thời gian.[5] Bộ lịch sử của Herodotos chấm dứt sau những thắng lợi này.[8]

Ông viếng thăm nước Ai Cập, ở đó khá lâu và từ đó sang viếng thành bang Cyrene (nay ở Libya) của người Hy Lạp. Từ Ai Cập, ông sang xứ Palestine, rồi đến thành Týros (thuộc Liban ngày nay). Vượt qua xứ Syria, ông đến Babylon ở Iraq, có lẽ là thành phố lớn nhất thế giới thời bấy giờ. Các đất Ai Cập, Palestine, Syria và Iraq đều nằm trong đế quốc Ba Tư thời bấy giờ, nên ông cũng học hỏi thêm nhiều về lịch sử và văn hóa Ba Tư. Dù vậy, ông chưa từng đến vùng Trung Á bao giờ, khi viết về người Massagetae trong bộ sử "Historiai" của mình, ông chỉ dựa theo những thông tin mà ông nghe được về họ. Ngày nay, chúng ta biết đến tộc người này chủ yếu là qua tác phẩm của ông.[9]

Để kiểm chứng rằng người xứ Colchis ở vùng núi Kavkaz có phải là người gốc Ai Cập, hậu duệ của một phần quân đội của pharaon Sesostris như người ta vẫn nói Ai Cập cổ, ông đi đến xứ Colchis, rồi từ đó đi về phía tây bắc, ngang qua đất của người Scythia và người Getae. Có lẽ ông đã đến Olbia, nay là thành phố Odessa ở Ukraina. Ông đến miền Thrace, rồi vương quốc Macedonia, rồi vùng Epirus (nay là Albania) trước khi về đảo Samos.

Máu anh hùng thúc đẩy ông trở về Halikarnasseus tham gia cuộc lật đổ bạo chúa Lygdamis năm 457 TCN. Nhưng Lygdamis xuống rồi, Halikarnasseus bị xâu xé bởi các phe phái tranh quyền nhau. Quá chán ngán trước tình thế đó, ông rời bỏ quê hương một lần nữa và vượt biển đi về phương tây.

Năm 456 TCN, tại [[Thế vận hội trên núi Olympía lần thứ 81, ông đọc trước công chúng một đoạn trong bộ lịch sử "Historiai" của ông. Có lẽ do sự khen tặng và được đề nghị trong dịp đó, ông đã chia bộ sử thành 9 quyển và lấy tên 9 vị Muse (thần thoại) đặt cho các quyển ấy.

Ông đến sinh sống tại thành bang Athena. Tất cả những nhân tài thành Athena đều mến mộ ông.[5] Tại đây, ông kết bạn với nhà soạn bi kịch Sophocles, và được Sophocles đặt một bài thơ tặng ông năm 450 TCN. Nhân dân Athena yêu thích nghe ông đọc sử.[10] Ông tiếp tục đi chu du các nước thuộc tộc Hy Lạp, và hoàn chỉnh bộ "Historiai". Trong dịp lễ Panathenea ngày 10 tháng 8 năm 444 TCN, ông đọc sách của ông trước công chúng Athena và được góp tặng một món tiền thưởng là 10 talent[11]. Phần lớn các học giả tin rằng bộ lịch sử này được xuất bản trong khoảng từ năm 430 TCN cho đến năm 424 TCN, nhưng có người cho rằng bộ lịch sử này được xuất bản vào năm 421 TCN.[8]

Thành bang Athena lúc ấy sống trong thời kỳ thịnh trị nhất dưới sự lãnh đạo của Pericles (461 TCN - 429 TCN). Do sự phát động của Pericles, một số người di cư sang đảo Sicilia lập một thành bang mới là Thurii năm 443 TCN. Herodotos có mặt trong đoàn người này, và sau đó ông coi Thurii là « quê hương thứ hai ».

Chưa rõ là ông qua đời vào năm nào,[10] có thể là năm 425 hoặc 420 TCN, tại Thurii, hoặc tại Pella, kinh đô xứ Macedonia thời bấy giờ. Phần lớn các học giả đồng ý là vào năm 424 TCN tại Thurii.[8]